A Faculdade olha o futuro com desafios importantes por realizar:

1. Ao nível da Investigação

centrar a investigação em:

* degradação da base dos recursos naturais devido ao aumento da pressão populacional e práticas do uso e gestão de terra.
* existência de condições naturais adversas (cheias, secas, incêndios, pragas e doenças);
* existência de condições sócio-económicas adversas para o uso sustentável dos recursos naturais e para a produção;
* existência de alternativas tecnológicas apropriadas para a produção e o uso sustentável dos recursos naturais, e
* pobreza nas zonas rurais levando a insegurança alimentar.

2. Ao nível de Extensão e prestação de serviços

* Transformar o actual GRNB (Grupo de Gestão de Recursos Naturais e Biodiversidade) num Centro de Estudos em Gestão de Recursos Naturais e Biodiversidade (CERNE) com as responsabilidades de:

* desenvolver programas de investigação e de desenvolvimento rural;
* educar e disseminar conhecimentos;
* estabelecer ligações e redes com os "stakeholders";
* trabalhar como um grupo de consultoria;
* melhorar o ambiente de ensino;
* melhorar o cometimento dos docentes para com o ensino e investigação, e
* contribuir para a capacitação institucional e apoio financeiro a Faculdade

3. Ao nível de Administração e finanças

· Reformulação Financeira e Administrativa por forma a que, tendo em consideração a sua complexidade a Faculdade adopte uma gestão descentralizada, eficiente e transparente.
· Aumento do numero de departamentos dos actuais 3 ( Produção e Protecção Vegetal, Engenharia Rural e Engenharia Florestal) para 5 com a formação de departamentos de Economia e Extensão Agrária e Engenharia Ambiental.

4. infraestruturs físicas
para responder a estes todos desafios há uma necessidade imperiosa de redimensionar as infraestruras físicas. Assim planeia-se que até 2006 a Faculdade passe dos actuais 5365 m2 para 15360 m2, o correspondente a 16 m2 por estudante. Esta área seria usada para edificação de mais salas, novos laboratórios, novos gabinetes e armazéns para material diverso.
Espera-se portanto, que no futuro a Faculdade de Agronomia e Engenharia Florestal seja um Centro de Excelência e Inovação com:
· um papel activo na resposta aos desafios do desenvolvimento sócio-económico e tecnológico do país e do mundo;
· uma integração local do triângulo ensino/treino, investigação e extensão, de uma forma sustentável e segundo um método participativo e multidisciplinar.