A FAEF possui oito Departamentos dos quais cinco são departamentos académicos e três centros. Dos centros, a FAEF possui dois centros localizados nas comunidades, nomeadamente CEFLOMA e CEDAS, e um centro localizado no seu edifício sede (Centro de Estudos de Agricultura e Gestão de Recursos – CEAGRE). O quadro de direcção e chefia da FAEF consistiu de:

• Director: Prof. Doutor Rogério Marcos Chiulele
• Directora Adjunta para a Graduação: Doutora Eng. Rosta Mate
• Directora Adjunta para a Pós-Graduação: Prof. Doutor Ernesto Uetimane Júnior
• Director Adjunto para Investigação e Extensão: Prof. Doutor Lucas Tivana
• Directora Adjunta para Administração: Prof. Doutor Alfredo Nhatumbo
• Chefe do Departamento de Protecção Vegetal (DProtV): Prof Doutor João Bila
• Chefe do Departamento de Produção Vegetal (DProdV): MSc. Mauro Machipane
• Chefe do Departamento de Engenharia Rural (DER): Prof. Doutor Rogerio Burguete
• Chefe do Departamento de Engenharia Florestal (DEF): Prof. Doutor Narciso Bila
• Chefe do CEFLOMA: Prof. Doutor Ernesto Uetimane Júnior
• Chefe do CEDAS: Sr Victor Madjaia
• Chefe do CEAGRE: Prof. Doutor Natasha Ribeiro
• Chefe do Departamento de Economia e Desenvolvimento Agrário (DEDA): MSc Bruno Araujo
• Drectores de cursos de licenciatura:
  • Engenharia Agronómica: MSc. Julieta Americano Gove
  • Engenharia Florestal: MSc. Francisco Geje
  • Agro-economia e Extensão: MSc. Felita Joaquim
• Directores de cursos de mestrado:
  • Desenvolvimento Rural: Doutor Eng. Nicia Givá
  • Maneio e Conservação da Biodiversidade: Profa Doutora Romana Bandeira
  • Produção Vegetal: Prof. Doutor Inácio Maposse
  • Protecção Vegetal:Prof. Doutor Domingos Cugala
  • Economia Agrária: Prof Doutor João Mutondo
  • Gestão de Solos e Água: Doutor Eng. Emilio Magaia
  • Tecnologia e Processamento da Madeira: Prof. Doutor Andrade Egas
  • Economia Agrária à Distância:Prof. Doutor João Mutondo
  • Educação Agrária à Distância:Prof. Doutor João Mutondo